พ.ศ.๒๔๔๐ (ร.ศ.๑๑๖) ปรากฏตามเอกสารทางราชการว่า พื้นที่ทั้งหมดของอำเภอสะบ้าย้อย ขึ้นอยู่กับ อำเภอเทภา จังหวัดสงขลา
พ.ศ.๒๔๖๗ ได้มีการแบ่งเขตการปกครองอำเภอเทพา ในส่วนที่เป็นอำเภอสะบ้าย้อยปัจจุบันยก ฐานะเป็นกิ่งอำเภอ เรียกว่า “กิ่งอำเภอบาโหย” มีเขตการปกครอง ๕ ตำบล คือ
๑. ตำบลโมง
๒. ตำบลเปียน
๓. ตำบลเขาแดง
๔. ตำบลจะแหน
๕. ตำบลบาโหย
โดยมีที่ทำการกิ่งอำเภอ ตั้งอยู่ที่ว่าการอำเภอเทพา มีรองอำมาตย์ตรี คงถาวรสุวรรณ
เป็นปลัดอำเภอผู้เป็นหัวหน้ากิ่งอำเภอ คนแรก
พ.ศ.๒๔๘๕ ได้มีการสร้างกิ่งอำเภอชั่วคราวขึ้นที่บ้านสะบ้าย้อย หมู่ที่ ๑ ต.โมง และได้เปลี่ยนชื่อ
กิ่งอำเภอบาโหย เป็นกิ่งอำเภอสะบ้าย้อย
พ.ศ.๒๔๘๖ ได้แบ่งแยกตำบล จากเดิม ๕ ตำบล เป็น ๘ ตำบล โดยแบ่งแยกตำบลเขาแดง เป็น
ตำบลคูหา และแบ่งแยกตำบลเปียน เป็นตำบลบ้านโหนด
พ.ศ. ๒๔๙๙ ยกฐานะกิ่งอำเภอสะบ้าย้อย เป็นอำเภอสะบ้าย้อย โดยมี นายชาญ ณ พัทลุง เป็นนายอำเภอคนแรก
พ.ศ. ๒๕๓๑ ได้ตั้งตำบลขึ้นมาอีก ๑ ตำบล โดยแบ่งแยกจาก หมู่ที่ ๒ หมู่ที่ ๔ และหมู่ที่ ๙
ตำบลจะแหน แบ่งแยกหมู่ที่ ๕ และหมู่ที่ ๘ ตำบลบ้านโหนด ตั้งเป็นตำบลธารคีรี
พ.ศ. ๒๕๓๒ ได้เพิ่มหมู่บ้านขึ้นอีก ๒ หมู่บ้าน โดยแยกจากหมู่ที่ ๓ บ้านนากัน ตำบลบ้านโหนด เป็นหมู่ที่ ๗ บ้านพรุจา ตำบลบ้านโหนด และแยกหมู่ที่ ๑ บ้านบาโหย แบ่งเขตการปกครอง เป็น ๙ ตำบล ๖๒ หมู่บ้าน
คำว่า “สะบ้าย้อย’’ เข้าใจว่าเป็นชื่อที่ตั้งตามชื่อของเถาวัลย์ชนิดหนึ่ง มีผลคล้ายฝักคล้ายสะตอ เมื่อผลสุกเมล็ดข้างในหุ้มด้วยเปลือกหนาจะมีเนื้อที่แข็งมากชาวบ้านชอบนำมาใช้ในการละเล่นพื้นบ้านชนิดหนึ่งซึ่งนิยมกันมาก เรียกว่า “การละเล่นสะบ้า’’ เถาวัลย์ชนิดนี้มีมาในบริเวณบึงแม่สะบ้าย้อย
ซึ่งเป็นบึงที่ตั้งอยู่ทางทิศตะวันอกของที่ว่าการอำเภอสะบ้าย้อย บึงแห่งนี้มีความกว้างยาวลึกมากมีน้ำขังตลอดปี มีต้นไม้ปกคลุมทั่วไป กับมีเถาวัลย์พาดคลุมจากฝั่งหนึ่งไปยังฝั่งหนึ่ง เถาวัลย์เลื้อยอ่อนย้อยเกือบถึงพื้นน้ำชาวบ้านจึงเรียกบึงแห่งนี้ว่า “บึงแม่สะบ้าย้อย’’ และใช้คำว่า “สะบ้าย้อย’’ เป็นชื่ออำเภอมาจนถึงปัจจุบัน